根据《国家发展和改革委员会主要职责内设机构和人员编制规定》，经济体制综合改革司的主要职责是：研究经济体制改革和对外开放的重大问题，指导推进和综合协调经济体制改革；组织拟订综合性经济体制改革方案；参与研究和衔接委内司局及有关方面拟订的专项经济体制改革方案，协调推进专项经济体制改革；指导经济体制改革试点和改革试验区工作；协调解决经济体制改革进程中的重大问题。具体职责是：（一）结合经济与社会发展状况，对经济体制改革和对外开放中综合性、全局性和深层次重大问题进行研究，指导推进和综合协调经济体制改革。（二）协调解决经济体制改革进程中的重大问题，调查研究改革开放重大方针、政策的实施情况，及时总结经验，提出对策建议。（三）组织拟订综合性经济体制改革方案。（四）参与研究拟订和衔接专项经济体制改革方案，协调推进专项经济体制改革。（五）组织指导专项经济体制改革试点和改革试验区工作。（六）组织开展中外经济体制比较研究，参与拟订涉外经济体制改革方案。（七）承办委领导交办的其他事项。